گزارش‌ها از منابع داخلی طالبان نشان می‌دهد که این گروه در نظر دارند شورای علمای شیعه افغانستان را منحل و غیرقانونی اعلام کنند.
به گزارش خبرگزاری معمار؛ منابع گغته اند که استخبارات طالبان پیشگام این طرح هستند. گفته می‌شود دلیل اصلی این تصمیم، ناکارآمدی شورا، سوابق آن در حکومت پیشین، و اتهام همکاری با دولت جمهوریت بوده است.
یک منبع آگاه در طالبان اظهار داشته است که این طرح هنوز در مرحله پیشنهادی قرار دارد و نهایی نشده است. هدف این اقدام، ایجاد یک نهاد جدید به‌عنوان نماینده جامعه شیعه افغانستان تحت نظارت امارت اسلامی می‌باشد.
شورای علمای شیعه در گذشته برای تطهیر طالبان تلاش‌هایی انجام داده بود. اعضای این شورا به ایران و عراق سفر کرده و در دیدار با مراجع دینی شیعه، از طالبان حمایت کرده بودند. همچنین، شورا متهم است که بدون اجازه طالبان و برخلاف خواست عمومی، تلاش کرده روابط حسنه‌ای با این گروه برقرار کند.
با این حال، این شورا نتوانست به اهداف خود دست یابد و حتی با وجود درخواست‌های مکرر، موفق به دیدار با ملا هبت‌الله، رهبر طالبان، نشد.
علاوه بر این، طالبان از عملکرد کمیسیون پیگیری مطالبات مردم شیعه نیز ابراز نارضایتی کرده‌اند. این کمیسیون که تحت نظارت ریاست ۴۹۵ طالبان فعالیت می‌کند، شامل شخصیت‌های سیاسی و مذهبی شیعه بوده و در جلسات خود به بحث در مورد مشکلات جامعه شیعه می‌پردازد.
