تحولات اخیر در درون ساختار طالبان و اظهارات برخی از مقامات این گروه، نشانه‌هایی از بروز شکاف‌های جدی در میان رهبران آن را آشکار کرده است. انتقاد تند عباس استانکزی، معاون سیاسی وزارت خارجه طالبان، از رهبری این گروه و تأکید بر ناپایداری هر نظامی، زنگ خطری برای انسجام داخلی طالبان به شمار می‌رود. این انتقادها در حالی مطرح می‌شود که حکومت طالبان هنوز از سوی هیچ کشور یا سازمان بین‌المللی به رسمیت شناخته نشده و همچنان با چالش‌های عمده داخلی و خارجی مواجه است.
یکی از اساسی‌ترین مشکلاتی که طالبان طی سه سال گذشته با آن روبه‌رو بوده، ناتوانی در تشکیل یک حکومت همه‌شمول و مساله حقوق زنان است. سیاست تک‌محورانه و قومی این گروه باعث شده که بسیاری از اقوام و جناح‌های مختلف در افغانستان احساس طردشدگی کنند. این وضعیت سبب افزایش نارضایتی در میان مردم و حتی برخی اعضای ارشد این گروه شده است. تجربه تاریخی افغانستان نشان داده که نظام‌های سیاسی که بر پایه‌ی انحصارگرایی و حذف دیگران بنا شده‌اند، سرنوشتی جز فروپاشی نداشته‌اند. اکنون نیز طالبان با اتخاذ همین مسیر، با بحران‌های داخلی و سیاسی متعددی روبه‌رو شده است.
ملا هبت‌الله آخندزاده قدرت را به شکلی انحصاری در اختیار دارد و بسیاری از فرماندهان ارشد طالبان احساس می‌کنند که در تصمیم‌گیری‌های کلیدی کنار گذاشته شده‌اند. این روند نارضایتی گسترده‌ای را در میان رهبران این گروه ایجاد کرده و زمینه اختلافات داخلی را تقویت کرده است. علاوه بر این، سیاست‌های سرکوبگرانه علیه زنان که منجر به ممنوعیت تحصیل و اشتغال آن‌ها شده، شکاف میان جناح‌های طالبان را عمیق‌تر کرده است. عباس استانکزی، از چهره‌های معتدل‌تر این گروه، بارها از لزوم بازگشایی مدارس دخترانه و مشارکت زنان در جامعه حمایت کرده است، موضوعی که در تضاد آشکار با دیدگاه‌های آخندزاده و جناح تندرو طالبان قرار دارد.
عامل دیگری که به اختلافات دامن زده، رقابت‌های داخلی بر سر منابع مالی و اقتصادی است. جناح‌های مختلف طالبان، از جمله شبکه حقانی و گروه‌های وابسته به ولایت‌های جنوبی، بر سر کنترل ثروت‌های ملی و توزیع منابع مالی درگیر رقابت شده‌اند. علاوه بر این، نحوه تعامل با جامعه بین‌المللی نیز محل نزاع میان رهبران این گروه است. در حالی که جناح سنت‌گرا بر حفظ سیاست‌های سخت‌گیرانه و قطع روابط با غرب تأکید دارد، چهره‌هایی مانند استانکزی به دنبال کاهش تنش‌ها و برقراری ارتباط با قدرت‌های خارجی هستند.
در مجموع، سیاست‌های انحصارطلبانه آخندزاده و فشارهای داخلی و خارجی، طالبان را در معرض بحران داخلی قرار داده است. در صورتی که این گروه تغییراتی در ساختار قدرت و سیاست‌های خود ایجاد نکند، احتمال شکل‌گیری یک اپوزیسیون داخلی و حتی انشعاب درون‌گروهی افزایش خواهد یافت. سیاست‌های افراطی و عدم انعطاف در برابر واقعیت‌های داخلی و بین‌المللی می‌تواند نه‌تنها باعث تضعیف طالبان، بلکه زمینه‌ساز بی‌ثباتی بیشتر در افغانستان شود.