سیاستهای دوگانه ایالات متحده در مبارزه با تروریسم نیز در پیچیدگی این بحران بیتأثیر نبوده است. در حالی که ایالات متحده بهطور رسمی علیه گروههای تروریستی در افغانستان میجنگید، اما در برخی مواقع، منافع استراتژیک ایالات متحده باعث حمایت از گروههای مخالف دولتهای دیگر، نظیر گروههای تروریستی در منطقه شد. این سیاستها موجب شدهاند که در بسیاری از موارد، منافع کوتاهمدت بر امنیت بلندمدت و استقرار صلح غالب آید.