مهمترین فعالیتهای سازمان در دو بخش «خدمات» و «برنامهها و سیاستگذاری» در قالب پنج محور اصلی شامل
۱. مهاجرت و توسعه، ۲. تسهیل مهاجرت، ۳. قانونمندسازی مهاجرت، ۴. مهاجرت اجباری ۵. حوزه میان بخشی (همکاریهای فنی،پژوهش، حقوق بین المللی مهاجرت، مباحث سیاستگذاری و تدوین خط مشی، حقوق مهاجرین، مهاجرت و بهداشت،