افغانستان به دلیل وضعیت خاص جغرافیایی و اقلیمی، در برابر مالاریا آسیبپذیر است. بهویژه ولایات گرمسیر و مرزی، بیشتر با این بیماری درگیر هستند. علاوه بر این، جریانهای مهاجرت داخلی و بازگشت مهاجران از کشورهای همسایه نیز، بار دیگر خطر گسترش این بیماری را افزایش داده است.